In der trostlosen, ausgedorrten Wüste des Westens kannte man einst einen Gangster namens El Topo. Als er sein Herz öffnete, wurde er zum Heiligen und vollbrachte große Wunder. El Topo hatte von verschiedenen Frauen zwei Söhne. Den Erstgeborenen, Kain, hatte er als Kind zurückgelassen, woraufhin dieser seinem Vater Rache schwor und als finstere Gestalt durch die Wüste irrte, um ihn aufzuspüren. Doch als Kain seinen Vater schließlich fand, konnte er ihn nicht töten und beschloss, seinen Rachedurst an seinem Halbbruder Abel zu löschen. Doch El Topo verfluchte Kain, auf dass er keine Vergeltung üben könnte...

Kain folgt dem Adler auf der Suche nach seinem Bruder Abel, der in der Wüste in Begleitung seiner toten Mutter zur Heiligen Insel unterwegs ist. Als die Brüder sich schließlich gegenüberstehen, stellen sie fest, dass sie zwar dasselbe Ziel, nicht aber denselben Beweggrund haben. Während Abel mithilfe seines Bruders die Mutter am Grab seines Vaters bestatten will, ist Kain auf etwas ganz Anderes aus, das sich auf der Insel befindet… Der zweite Band der Fortsetzung von Alejandro Jodorowskys Kultfilm, bildgewaltig ins Szene gesetzt von José Ladrönn.